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应用工程学院团总支以学校“目标导航工程”为载体，坚持“知行合一、德技并修”育人理念、“严谨细致、追求卓越”的质量文化，致力打造“扬帆筑梦--目标导航”工程，通过夯实思政育人，打造“知行合一 德技并修”文化育人体系，在校园文化活动、暑期社会实践、志愿服务、校内实训、企业锻炼等实践活动中将提升专业技能与全面提高学生综合素质能力相结合，通过主题月活动、暑期三下乡、食品安全宣传志愿活动、职前训练营、名企进校园、师生进企业等品牌活动，培养学生德、智、体、美、劳全面发展，致力于培育素质高、技能强、具有国际化视野和工匠精神的高素质技术技能人才。
学院团总支由组织部、办公室、全媒体、志工部、素拓部、资助部这6个部门组成；学生会由学检部、文艺部、生活部、体育部、心理部、就创部、文案部7个部门组成。
